Né dans une famille de riches bourgeois parisiens, qui comptait déjà des scientifiques de renom, Claude Perrault est le frère aîné de l’écrivain Charles Perrault, célèbre pour ses Histoires ou Contes du temps passé. Il étudie d’abord la médecine et la physique, s’affirmant comme un partisan de l’« iatromécanisme » prôné entre autres par G. A. Borelli, théorie alors en grande vogue, ce qui lui vaut d’enseigner dès le début des années 1650 la physiologie et l’anatomie puis d’entrer en 1666 à l’Académie des Sciences.