Sous la fiction d'un discours de révélation mis dans la bouche de Jésus-Christ, le Fils de l'Homme (65,18-19; 69,21-22), le Deuxième traité du Grand Seth s'adresse à des chrétiens qu'il exhorte à maintenir entre eux l'unité et à se séparer d'adversaires adeptes de doctrines qui se sont imposées au cours du IIe siècle comme celles du christianisme orthodoxe. Il dénonce en effet comme erreur et source d'esclavage la valeur rédemptrice des souffrances et de la mort du crucifié, l'interprétation paulinienne du baptême comme participation à la mort du Christ et l'appréciation positive des Écritures juives, qui deviendront l'Ancien Testament des chrétiens.

La fonction de ce texte étant manifestement de persuader et non d'instruire, on n'y trouve nul exposé systématique d'un corps de doctrine bien défini. Aux opinions qu'il combat, il oppose une interprétation de la passion de type docète, des allusions cosmogoniques et une représentation du salut qui présupposent à la fois des doctrines que l'on trouve exposées dans les textes valentiniens et dans les textes séthiens de la bibliothèque de Nag Hammadi. Cette conjonction de courants gnostiques divers est probablement l'indice d'une date de composition plutôt tardive, sans doute postérieure au dernier quart du IIe siècle. S'il faut chercher ses sources d'inspiration aussi bien du côté du valentinisme, en particulier pour les thèmes liés au salut et à l'eschatologie, que du côté du séthianisme, il faut observer que ce texte s'apparente beaucoup, par son thème central qui est la passion du Sauveur, à l'Apocalypse de Pierre et à la Lettre de Pierre à Philippe.

Outre l'aspect fortement polémique qui le distingue, l'intérêt particulier du Deuxième traité du Grand Seth réside dans le fait d'avoir utilisé des matériaux vraisemblablement tirés de sources écrites antérieures à sa composition et qui pourraient remonter à Basilide, ce maître chrétien qui enseigna à Alexandrie dans la première moitié du IIe siècle, et qui ne nous est connu autrement que par les témoignages des hérésiologues. Ces deux sources se trouvent aux pages 56,4-13, ainsi qu'en 62,27- 63,32 et 64,15-17.