The Fountain est une odyssée sur le combat millénaire d'un homme pour sauver la femme qu'il aime, mais aussi son voyage initiatique dans l'acceptation de la mort.

Il s'agit aussi d'un combat intérieur afin d'atteindre un état pur, de liberté, de plénitude et d'amour.

Le film relate trois récits entrelacés qui se déroulent dans le cadre de l'Espagne des conquistadores, le présent et une dimension spirituelle que vit le personnage principal lorsqu'il est en transe méditative.

Ces trois récits entrelacés peuvent être perçus comme un seul récit qui comporte trois réalités. Il s'agirait alors du récit d'un homme à travers le temps et à travers son évolution intérieure et spirituelle.